Ślady wczesnego osadnictwa w rejonie Pekinu możemy odnaleźć już za czasów dynastii Zhou (1122-256). Wtedy to istniało osiedle o handlowym charakterze zwane Jicheng ( Ostowy Gród ). Z czasem stało się ono stolicą jednego z państw lennych i nazwano go Yanjing ( Stolica Państwa Yan lub Jaskółcza Stolica ). Księstwo Yan istniało do czasu zjednoczenia Chin przez pierwszego cesarza z dynastii Qin, potem straciło swe znaczenie i stało się zwykłą osadą.
Kilkaset lat później na miejscu dawnego Yanjingu powstała osada Youzhou ( Odległe Miasto ).

Właściwy rozkwit miasta nastąpił jednak dopiero w X wieku. W 907 roku, po upadku dynastii Tang, Chiny podzieliły się na liczne zwalczające się państewka. Tą sytuację wykorzystali Kitanowie podbijając część północnych ziem Chin. Opanowali również Youzhou i uczynili je swoją dodatkową stolicą, nazywając ją Nanjing ( Stolica Południowa ). Miasto to zajmowało południowo-zachodni skrawek późniejszego Pekinu w obrębie murów miejskich.

Dalszy rozwój miasta wiąże się z kolejnym plemieniem, mianowicie Dżurdżenów. Przekształcili oni Południową Stolicę w swoje główne miasto stołeczne, zwane Shongdu ( Środkowa Stolica ). Znacznie poszerzono wówczas obszar istniejącego miasta, wznosząc w nim okazały pałac. Ta dynastia pozostawiła po sobie również wspaniały most na rzece Yongding, znany na Zachodzie pod nazwą Mostu Marco Polo.

Kiedy z kolei Mongołowie podbili Chiny, wnuk Czyngis-chana, Chubilaj-chan, przybył w 1260 r. do zajętej stolicy pokonanych Dżurdżensów i postanowił wnieść swoją stolicę w pobliżu. Wybudowane miasto nosiło mongolską nazwę Chanbałyk ( Miasto Chana, po chińsku zaś zwano je Dadu – Wielka Stolica ).
W połowie XIV wieku wybuchło powstanie przeciw Mongołom. Doprowadziło ono do upadku panującej dynastii i ustanowienia rodzimej dynastii Ming. Jej stolicą został dzisiejszy Nankin.
W 1421 r. trzeci cesarz dynastii Ming przeniósł stolicę swego cesarstwa do miasta, które nazwano Beijing ( Północna Stolica ). Wówczas wymawiano nazwę jako Peiking, stąd pochodzi europejska nazwa miasta.

Kres dynastii Ming nastąpił w 1644 r. Miały miejsce dwie wojny opiumowe oraz Powstanie Tajpingów i Powstanie Bokserów, które doprowadziły do osłabienia Cesarstwa i jego ostatecznego upadku w 1911roku.
Podczas wojny domowej w 1949 roku komuniści, pod wodzą Mao Tse-tunga, proklamowali na Placu Tiananmen powstanie Chińskiej Republiki Ludowej i przenieśli stolicę z powrotem do Pekinu.